遺伝的要因としての違い
1）ＤＮＡの違い
●一般のアグー豚の原種豚は、イギリスのバークシャー種などが交配された豚のなかで沖縄県立北部農林高校で維持されていた豚とその豚に別の西洋種を交配した豚でアジア系グループに入る豚を原種豚とします。今帰仁アグーは全く別の系統で東アジアの豚の系統にはいるグループになります。
●今帰仁アグーはDNAで今帰仁アグーの肉であるか他の豚の肉であるかの区別がつきます。
2）性成熟の違い
●100～120日程でおとなになります。
一般的な西洋種やアグー豚は200日程で性成熟に達しますが、今帰仁アグーは100日～120日程で性成熟に達するため小柄で皮下脂肪も厚くなります。
●出荷体重
西洋種の多くは生後180日で110㎏になると出荷します。性成熟する200日に達していない成長期の幼畜です。そのため、皮下脂肪が薄く、みずみずしいソフトな肉になっています。他のアグー豚も西洋種の交配の関係で性成熟が遅くなっており大柄な豚になっています。今帰仁アグーは出荷まで300日～360日かかり80kg～90kgと小柄ながら完全に性成熟に達した成豚となっています。
●肉用にするため沖縄での在来豚の繁殖コントロール（写真 卵巣摘出写真 白黒で印鑑を押す）
沖縄の在来豚は性成熟が早い為、放っておくと妊娠してしまうので、卵巣摘出をしていました。これは、現在でも東アジアの少数民族の間で行われています。
3）骨格の違い
●豚の原種イノシシと同じ背骨の数
今帰仁アグーは背骨の数（頸椎と腰椎の足した数）が19本で胴が短く見えます。西洋種は背骨の数を増やす核内受容体の一種NR6A1が働き背骨が22～23本と多い豚になっています。一般のアグー豚も背骨の数が多い傾向がみられます。
祖霊神や精霊に供犠として使われた沖縄の豚は伝統的形質・形態に限られ、突然変異の非日常的な豚は使われませんでした。
4）外貌の違い (写真3枚 ）
●毛色は黒く、耳の革が薄い。背線が緩く、腹が下垂し、尾が挿し尾（尾が巻かない）、指の関節が弱く後の蹄（ひづめ）が地に着くなど
狭いところで囲い飼育される環境で人為選抜されてきた東アジアの在来豚の共通する外貌特徴を多く持っています。西洋品種は放牧・移牧の環境で利用形態も異なり、異なる人為選抜をされた豚であるため外貌特徴が全く異なります。
5）性質の違い
●子育てがうまく温和です。
性格が温和で人に向かってくることはありません。また、子育てがうまく西洋種のように自分で子豚を踏みつぶすことも、他の豚の臭いがある子豚を咬み殺すこともなく分け隔てなく育てます。
６）味・食感の違い
●筋繊維が細く、脂肪融点が低い。
融点は餌でかなり変わりますが今帰仁アグーは遺伝的に融点が低い特徴があります。またアミノ酸成分、不飽和脂肪酸成分、コルステロール値は遺伝的違いがほとんどありません。脂肪融点が低いことで味がわかりやすく、筋繊維が細いので歯にかかりにくいと言われています。
●筋繊維の弾力が強い特徴があります。
試験研究をしていないので明確な答えが言えませんが、筋繊維の弾力が強いようである。このため食感として弾力が出るが、硬く思われる事があります。
環境的要因として
1）餌の違い
●トウモロコシではなく米でエネルギー計算をしています。
トウモロコシの油は身体によくない事と脂がコーン油の風味が出てしまうこと、飼料用トウモロコシ・大豆・ナタネなどは遺伝子組み換えが行われている物が沖縄で使われています。また油の抽出にヘキサンが使われており残留したものが、アレルギーの原因になっているとも考えられています。これらの飼料は畜産生産で通常使われていますが、お客様が、不安を覚えないよう独自の飼料を厳選しています。また今帰仁村では、欧州のようなコルクガシの栽培場に豚を離す仕組みがなく、そのような飼養体系は取れませんが、泡盛粕、甘藷蔓の利用をしています。
2）飼育環境の違い
※画像クリックで拡大してご覧になれます。
●今帰仁村産です。
今帰仁の土地柄で育てることを前提としています。
●種豚の放牧をしています。
飼育豚のすべてを放牧してはいませんが、健康の為、種豚を放牧させ、草を食べさせ、風雨にさらし、海の潮風を浴び、ぬた場で泥浴びをさせています。
●授乳期間・飼育期間が大変長くなっています。
西洋種は分娩回転率を上げるため生後20日前後で離乳し、180日前後で出荷しますが、今帰仁アグーは性成熟が早く、出産体重も小さいため、授乳期間を40日前後、出荷までの飼育期間は300日～360日前後になっています。
その他の要因として
目的の違い
●遺伝資源・文化資源の継承と食べて美味しい事を目的に経済的確立を目指しています。
単純な経済的目的だけのために豚を安易に交配させることはしません。しかし、現代社会における経済活動に沿わなければ今帰仁アグーに生存権利が発生しないため、経済自立努力を心がけています。
●元原種豚の導入は1970年代に離島で行った移動動物園からと沖縄在来豚アグー保存会からです。
近年飼育される西洋種的な黒い豚、来歴不明の豚は農場に導入しない事にしています。
●閉鎖飼育・育種をしています。
他所の豚に不安定材料が多い為、基本的に自社農場の豚のみで交配を行っています。また 門外不出で他所に搬出していません。
また日本を代表する動物園「恩賜上野動物園」及び沖縄の動物園である「沖縄こどもの国」には在来家畜の展示用として今帰仁アグーが飼育展示されています。
